1986年に日本との国交が樹立する以前にも、民間の交流や国連を通じた開発援助などの友好関係がありました。中でも1964年から28年間にわたって現地で農業技術の指導にあたった西岡京治氏はブータンの近代化に大きな足跡を残しました。JICA（現・国際協力機構）専門家として活動中の92年、現地で急逝した西岡氏は生前、外国人として唯一「ダショー」（高貴な人）の称号を国王から授与されました。
1988年から青年海外協力隊（JOCV）の派遣が始まり、それまで数人程度だった在留日本人の数も次第に増加。2004年現在、JICAのシニアボランティア、NGOの日本シルバーボランティアズなども加わり、これら技術援助関係者と国際結婚のパートナーなど、合わせて100人近い日本人がブータンで生活しています。1990年代には、大阪の花博などの日本国内イベントや、ブータンへの観光旅行の一般化などでブータンと日本の交流がが一層盛んになりました。現在、留学、研修、結婚などで、常時30人前後のブータン人が日本に滞在しています。
国交はあるものの日本、ブータンのどちらも相手国に大使館・領事館を持たず、双方の在インド大使館が外交の窓口となっています。ブータン王家と日本の皇室との交流では、現国王陛下が1989年の昭和天皇大喪の礼、1990年の現天皇陛下即位の礼に際して来日され、また皇太子殿下、秋篠宮殿下ご夫妻がブータンを訪問されています。
2011年11月、10月にご成婚されたばかりの第5代国王・王妃両陛下が国賓として来日され、その若さと爽やかさで、日本にブータンブームをもたらしました。
Even before the establishment of diplomatic relations in 1986, the relationship between Japan and Bhutan has always been friendly through private- level exchanges and international development aid via United Nations. Of all, the contribution by NISHIOKA Keiji is outstanding. He was an Agricultural Specialist dispatched by Japan International Cooperation Agency (JICA), and devoted himself to transferring agricultural technology to Bhutan for 28 years since 1964. His work had contributed to the modernization of Bhutan so greatly that he became the only foreigner, who was designated as “Dasho” (Noble Man) by His majesty the King. Unfortunately, he had passed away suddenly in the middle of his duty in Bhutan in 1992.
Since then, the relationship has been deepening and diversifying, especially pushed by several events such as the Flower Expo in Osaka, and the start of private Tourism in Bhutan.
The number of Japanese living in Bhutan has been increasing to reach nearly 100 in total now. These include Japan Overseas Cooperation Volunteers (JOCV), which was started its dispatch in 1988, Senior Volunteers both by JICA and NGOs, development aid specialists, and international marriages.
At the same time, there are about 30 Bhutanese living in Japan for studies, training programmes, and marriages.
Although both countries have official relationships, neither of them owns embassy nor consulate. Therefore, the diplomatic relationship is always carried out via Indian Embassy.
At Royal level, there are also exchange histories. The present His Majesty visited Japan for the funeral for the former emperor in 1989, and the coronation ceremony for the present emperor in 1990. Likewise, the Crown Prince and the Prince and Princess Akishinonomiya paid visit to Bhutan in 1987 and in 1997 respectively.